A posição física das partições não tem nada a ver com a sequência de inicialização. O código de inicialização é armazenado no MBR e, em seguida, chama o bootloader na posição correta no disco, não se importando com as partições.
Se você deseja remover essa partição, sugiro que faça isso do próprio Windows, dessa forma, se ela puder quebrar o que o Windows informar.