De acordo com a linha deb no seu código apt, o apt irá buscar:
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Valida se o Release.gpg é uma assinatura válida para o arquivo Release e se o conteúdo do Packages.gz corresponde à soma de verificação de integridade presente no arquivo Release. Se houver uma incompatibilidade, uma falha na integridade da assinatura do repositório será relatada.
O nome do arquivo de pacote para o pacote solicitado é determinado a partir do conteúdo Packages.gz recuperado anteriormente. Ele é baixado e sua soma de verificação de conteúdo deve corresponder ao conteúdo do checksum de Packages.gz ou uma falha de integridade é relatada.
Sua última pergunta não é sobre a estrutura do espelho em si, é sobre a sincronização do espelho, que depende do processo de espelhamento. É possível sincronizar usando um local temporário sem quebrar a integridade do arquivamento durante a sincronização. Não tenho certeza se todos os espelhos do Ubuntu fazem isso.