A partir da minha (admitidamente limitada) experiência, o problema é que, com um USB ativo, existe apenas uma partição exatamente do tamanho da imagem de disco usada para criá-la. Pelo que sei, não há solução porque os USBs ativos não foram feitos para serem usados como sistemas completos. O que você poderia tentar fazer é instalar completamente um sistema operacional no seu USB e depois instalar o ext4magic nele.
Para responder às suas outras perguntas:
Isso não tem nada a ver com swap, swap é o espaço em disco usado como RAM, e seu problema aqui não é muito pouca RAM.
Não existe o "modo USB", o EFI refere-se ao tipo de interface de firmware no seu computador, não ao tipo de dispositivo de armazenamento em que sua imagem ao vivo está.