Se você tiver a imagem de instalação do Windows (por exemplo, * .iso), todo esse absurdo relacionado à estrutura de arquivos do Windows na mídia de instalação é coisa do passado. Formate a unidade como uma unidade Easy2Boot *, depois apenas copie a iso para o pendrive e termine. Copie dois ou cinco ou dez iso's para o bastão, se quiser, contanto que você tenha espaço. Quando você inicializar, você terá um menu para selecionar de qual iso você quer inicializar, e você é de ouro.
* Se as imagens tiverem 4 GB ou mais, você precisará formatar a unidade como NTFS ou exFAT.