Geralmente, as sub-redes combinam com VLANs (ou seja, uma sub-rede por VLAN), assim como as LANs físicas separadas. (O roteador também os vê como semelhantes a interfaces físicas separadas.) Não há segurança em colocar duas sub-redes na mesma (V) LAN, pois elas podem ser acessadas diretamente umas das outras (com, no máximo, uma alteração de endereço IP dissimulada), e não faz sentido usar a mesma sub-rede em duas (V) LANs, pois isso vai contra a definição de "sub-rede".
Então você criaria uma sub-rede e uma VLAN para cada grupo; conecte o roteador a uma das portas do TP-Link configurada como uma porta "trunk" (ou pelo menos, com todas as VLANs marcadas) e atribua as outras portas a VLANs específicas (sem tag), onde elas vão para switches não gerenciados. p>
Esse roteador estaria servindo DHCP para todas as VLANs, atuaria como seu gateway fora da sub-rede e como firewall para acesso entre VLANs.
Os SSIDs são como portas em um switch, portanto, eles estarão em sub-redes separadas se pertencerem a LANs (V) diferentes. Muitos APs de ponta suportam múltiplos SSIDs com VLANs separadas, mas depende de qual tipo de "Ubiquiti AP" você tem. (Eu ouvi que a série UniFi suporta isso, mas eu só trabalhei com dispositivos airMAX que definitivamente não suportam).
(Esses APs com várias VLANs também se conectariam a uma porta "trunk", eu acho).