Procure um arquivo chamado /root/.config/user-dirs.dirs
. Verifique no conteúdo desse arquivo uma linha que diz XDG_DESKTOP_DIR=
.
Deve ser XDG_DESKTOP_DIR=/root/Desktop
.
Se aparecer como XDG_DESKTOP_DIR=/root
, então é problema seu. Ele acredita que o Desktop é o diretório raiz.
Nesse caso, edite, altere para XDG_DESKTOP_DIR=/root/Desktop
, salve, efetue logout e login novamente.