Procure um arquivo chamado /root/.config/user-dirs.dirs . Verifique no conteúdo desse arquivo uma linha que diz XDG_DESKTOP_DIR= .
Deve ser XDG_DESKTOP_DIR=/root/Desktop .
Se aparecer como XDG_DESKTOP_DIR=/root , então é problema seu. Ele acredita que o Desktop é o diretório raiz.
Nesse caso, edite, altere para XDG_DESKTOP_DIR=/root/Desktop , salve, efetue logout e login novamente.
