Os campos "x até y" especificam parâmetros para processar o arquivo de entrada. Predefinições especificam parâmetros para o arquivo de saída. Portanto, não, não é possível salvar esses parâmetros como uma predefinição.
Você pode utilizar a interface de linha de comando do Handbrake para realizar isso. Por exemplo, você tem input.avi que deseja codificar, iniciando em 390 quadros, usando o perfil "normal":
HandBrakeCLI -i input.avi -o output.mp4 --preset="Normal" --start-at frame: 390
Além disso, se você quiser 16 segundos cortados desde o início, pode tentar "--start-at duration: 16", que deve ser independente da taxa de quadros.