Handbrake é uma ótima ferramenta que permite adicionar uma pasta para converter.
Basicamente você tem que fazer:
- Faça "Origem / Abrir Pasta" (e selecione a pasta, é claro)
- Escolha suas configurações de conversão.
- Faça "Adicionar à fila" / "Adicionar tudo".
Recomenda-se que você também ajuste as opções de Nomenclatura automática de arquivos. Você tem acesso a essas configurações em Ferramentas / Opções / Arquivos de saída.