File "vigenere_cipher.py", line 13, in alpha_gen
key = alphabet(0)
TypeError: 'list' object is not callable
No Python, () indica que você deseja chamar (executar) alguma função.
O que você está fazendo na linha 13 com alphabet(0) está tentando chamar alphabet , que é uma lista, não uma função. Altere para alphabet[0] para acessar o primeiro elemento da lista alphabet .