A razão pela qual o explorer.exe é sempre executado é porque a Microsoft se esforçou para garantir que um shell fosse executado. A razão pela qual eles fazem isso é porque um shell fornece a camada de apresentação (camada OSI 7) da GUI do Windows. Você precisa ter um programa shell se for ver um desktop. Se você inicializar no modo de segurança com um prompt de comando, o explorador provavelmente não está sendo executado.
Existem programas de shell alternativos que você pode usar em vez do explorer.exe, mas você deve executar algo.
Vale a pena mencionar que o explorer não é o Internet Explorer. Esse executável é iexplore.exe.