Você pode usar Advanced Filter , por exemplo, na coluna E, em E1 write QTY , em E2 write >0
Seus dados em A1: B5 selecione-o Clique em Dados, Avançado, na lista Intervalo você terá $A$1:$B$5 e o intervalo de critérios $E$1:$E$2 seus dados serão filtrados para Qtd > 0 e você poderá inserir seu gráfico selecionando os dados filtrados, será parecido com a imagem abaixo.