Bem, acho que encontrei a solução sozinho. Adicionando
<build>
<resources>
<resource>
<directory>conf</directory>
</resource>
</resources>
</build>
para o pom.xml corrige o problema.
Meu IntelliJ (2016.1.1) não copia logback.groovy do caminho conf/logback.groovy dentro de algum projeto maven. Quando localizado em src/main/resources , o arquivo é copiado instantaneamente para a pasta de saída. A pasta conf está marcada como pasta de recursos. Quando renomeado para, e. logback.groovy2 dentro da pasta conf , o arquivo também é copiado. Eu tentei adicionar logback.groovy como padrão de recurso e excluí-lo da compilação, ambos em vão.
Em suma, parece que a pasta src/main/resource tem um papel especial em um projeto de maven (em comparação com outras pastas de recursos). Eu presumo que alguma configuração do maven seja necessária.
Bem, acho que encontrei a solução sozinho. Adicionando
<build>
<resources>
<resource>
<directory>conf</directory>
</resource>
</resources>
</build>
para o pom.xml corrige o problema.
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