Você pode:
- Configure o Linux para ativar outras atividades também, não apenas pacotes mágicos: link
- Configure o fritzbox para ativar o PC no tráfego (a mesma página de configurações que para acordar explicitamente)
- Tente configurar o Windows para enviar um pacote mágico ao PC Linux, quando necessário. Isso tem alguns problemas
- se os PCs não compartilharem a LAN, você provavelmente precisará enviar o pacote ao seu fritzbox e enviá-lo para a transmissão - o que os fritzboxes não permitem.
- Você precisa, de alguma forma, tentar executar um serviço para o Windows que detecte o uso do sistema de arquivos de rede. Criar o pacote mágico é provavelmente fácil de comparar.