O seu sistema está usando uma partição de inicialização EFI? Se assim for, você usaria o bcdedit para adicionar uma nova configuração para a segunda instalação.
A clonagem pode ter causado outros problemas com a tabela de partições. A melhor solução seria excluir a segunda partição e certificar-se de que você pode inicializar o original, em seguida, executar uma instalação completa na segunda partição, que deve atualizar automaticamente os arquivos bootmgr da EFI.
Alternativamente, se você está se sentindo corajoso / tolo / aventureiro E você tem um backup recente do seu disco rígido original para restaurar, você poderia tentar um reparo BCD. Às vezes é fácil, às vezes, muito difícil de acertar, dependendo da profundidade dos problemas criados pela clonagem.
Um outro problema - você percebeu se havia uma partição EFI separada (o que significa que você tem uma configuração GPT)? se não, você pode estar em um sistema MBR que é tratado de forma diferente.
Uma coisa a notar, quando você atualiza seu sistema para o Windows 10, é na verdade apenas instalar um novo sistema operacional na maior parte do tempo; portanto, a menos que você não tenha uma mídia de instalação para seus aplicativos, uma nova instalação dará a você o melhor resultado. Você pode criar mídia de instalação com base na sua chave win7 no site da Microsoft em algum lugar que eu acho.
Limpar o método de instalação do Win 10 no site da Microsoft:
"Siga estas instruções para executar uma instalação limpa do Windows 10. Se você deseja atualizar para o Windows 10 gratuitamente, siga as instruções em Atualizar para o Windows 10 usando a seção de ferramentas. Se você não tiver atualizado para o Windows 10 Ainda assim, e para executar uma instalação limpa, você precisará inserir uma chave de produto qualificada para o Windows 7, Windows 8.1 ou Windows 10 ou comprar uma licença para ativar o Windows 10. Clique aqui para obter informações sobre edições qualificadas.
Advertência
Se você formatar uma partição do disco durante a instalação, todos os dados da partição serão apagados. Faça backup de todos os dados que você deseja manter antes de começar.
Execute a ferramenta de criação de mídia.
Selecione Criar mídia de instalação para outro PC.
Escolha o idioma, edição e arquitetura (64 bits ou 32 bits) para o Windows 10.
Siga as etapas para criar a mídia de instalação e selecione Concluir quando terminar.
Quando estiver pronto para executar uma instalação limpa, ligue o computador, insira o DVD ou a unidade flash USB que você criou e, em seguida, desligue o computador.
Reinicie seu PC e pressione qualquer tecla para inicializar a partir do DVD ou da unidade flash USB.
Se você reiniciar seu PC e sua versão atual do Windows for iniciada, talvez seja necessário abrir um menu de inicialização ou alterar a ordem de inicialização nas configurações de BIOS ou UEFI do computador para que o PC inicialize a partir da mídia. Para abrir um menu de inicialização ou alterar a ordem de inicialização, você normalmente precisará pressionar uma combinação de teclas (como F2, F12, Excluir ou Esc) imediatamente após ligar o computador. Para obter instruções sobre como alterar a ordem de inicialização do seu PC, verifique a documentação que acompanha o seu PC ou acesse o site do fabricante.
Se alterar o menu de inicialização ou o pedido não funcionar, tente novamente entrando no Windows, desligando e iniciando o PC.
Na página Instalar o Windows, insira seu idioma e outras preferências e, em seguida, selecione Avançar.
Selecione Instalar o Windows.
Na página Digite a chave do produto para ativar o Windows, insira a chave do produto. A chave do produto deve estar em um e-mail de confirmação de compra se você comprou o Windows 10. Se parece com isto: CHAVE DO PRODUTO: XXXXX-XXXXX-XXXXX-XXXXX-XXXXX.
Nota
Se você já ativou o Windows 10 com êxito neste PC, inclusive se você fez o upgrade aproveitando a oferta de upgrade gratuito, não precisará inserir uma chave de produto do Windows 10. Você pode pular a página de chave do produto selecionando o botão Ignorar. Seu PC será ativado automaticamente mais tarde.
Na página Termos de Licença, se você aceitar os termos da licença, selecione Eu aceito os termos da licença e selecione Avançar.
No tipo de instalação que você quer? página, selecione Personalizar.
No Onde você deseja instalar o Windows? página, selecione a partição desejada, selecione a opção de formatação que deseja executar (se necessário) e siga as instruções.
Quando terminar de formatar, selecione Avançar.
Siga o restante das instruções de configuração para concluir a instalação do Windows. "