Você está pedindo muito para um computador fazer tudo de uma vez. Divida o trabalho em dois passos.
Exportar para um codec profissional de alta taxa de bits (talvez ProRes ou Cineform). Em seguida, converta-o usando o Handbrake ou similar a um arquivo de reclamação h264.
3 horas para um vídeo de 30 minutos, no entanto, não é tão ruim. Há muito trabalho envolvido na conversão entre codecs e na reexportação de um arquivo codificado.