Use
ffmpeg -i test.mkv -loop 1 -i watermark.png \
-filter_complex "overlay=x=0:y='if(gte(t,0), ((H+h)\/5)\*mod(t\,5)-h, NAN)':shortest=1" \
output.mkv
5 segundos é o período da expressão acima. Altere os dois 5 s para alterar o período.
A menos que você esteja trabalhando com arquivos com registros de data e hora negativos, como segmentados ou arquivos divididos usando ffmpeg -ss no modo copy , você pode pular a função gte .
ffmpeg -i test.mkv -loop 1 -i watermark.png \
-filter_complex "overlay=x=0:y='((H+h)\/5)\*mod(t\,5)-h':shortest=1" \
output.mkv