Bem, parece que atualizar o Apache de 2.2 para 2.4 no WHM de alguma forma removeu o suPHP. Uma resposta da pergunta me levou nessa direção.
O Apache e o PHP estão sendo executados como nobody user e group. A pasta public_html está definida para:
drwxrwx--- 11 myuser nobody 4096 Feb 11 14:39 public_html/
mas quando o Apache e o PHP (via Wordpress) tentam sobrescrever qualquer coisa, ele não pode.
Bem, parece que atualizar o Apache de 2.2 para 2.4 no WHM de alguma forma removeu o suPHP. Uma resposta da pergunta me levou nessa direção.
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