query='{"queryType":"SQL", "query": "create table hdfs.bigdata.'databases/'$cleantn'/'$timestamp'' AS (SELECT * FROM dfs.''$tempfile'')"}'
Troque as aspas. O bash não processará nada nas cotações de fala ""
ou com o escape prefixado \
O texto acima se torna:
query="{'queryType':'SQL', 'query': 'create table hdfs.bigdata.'databases/'$cleantn'/'$timestamp'' AS (SELECT * FROM dfs.''$tempfile'')'}"