O cmd conhece o redirecionamento adicional da saída que está anexando a saída ao arquivo X em vez de sobrescrever o X. É feito o mesmo que em shells unix, usando o '> >' operador de redirecionamento em vez de '>'
No seu caso, seria parecido com
call :sub2 > more_output.txt
...
more ... more_output.txt >> abc.xml
Obviamente, você organizou o conteúdo de output.txt e more_output.txt para que nas tags de abertura e fechamento finais do xml estejam nos lugares certos.