Eu lembro dos velhos tempos, quando muitas pessoas usavam o Norton Ghost. Ele foi iniciado a partir de um disquete inicializável e, em seguida, foi possível criar ou restaurar imagens do sistema.
Hoje eu uso o sistema interno de imagem de backup do Windows. O que mais me interessa é que a imagem está sendo criada enquanto o sistema está totalmente operacional e o aplicativo nem sequer pede ao usuário para não usar outros aplicativos. Como o mecanismo de backup precisa mover ~ 100Gb de um volume para outro, é óbvio que os arquivos do sistema (logs, arquivos de configuração, etc.) serão alterados durante essa operação, o que - na pior das hipóteses - pode levar ao sistema instável (um arquivo feito antes de alguma operação importante, segundo um depois).
Acho que os caras da Microsoft são mais espertos do que eu, então é bem provável que essa situação não ocorra. Mas então como a ferramenta de backup supera o problema mencionado?
(By the way, versões recentes do Norton Ghost faz o mesmo - backup é realizado no sistema ao vivo)