Eu tive um problema semelhante, mas a solução foi ... desculpe. Descobri que eu tinha comprado uma unidade flash desonesta do eBay com uma capacidade adulterada - o que era para ser uma unidade incrivelmente grande era na verdade apenas 8GB, embora mostrasse o tamanho falso no Windows e em um scan de setor.
Isso me colocou em ordem: link
O que me deu a dica foi quando copiei cerca de 20GB em arquivos .mkv. Eu achei que alguns deles estavam funcionando bem, e então tudo depois de um certo ponto foi quebrado. Eles foram quebrados, embora os tamanhos dos arquivos parecessem corretos, e não houve mensagens de erro durante a cópia.
Eu tentei todos os tipos de coisas para consertá-los - scans, chkdsk etc., mas não vi nada. Às vezes, depois de desconectar e / ou reiniciar, ele aceitava um vídeo extra de 1GB e tocava enquanto ainda estava conectado, mas quando eu o ejetai e o conectei de volta naquele arquivo seria corrompido, como se todos os metadados estivessem se foi.
Eu finalmente descobri que foram os primeiros 8GB que funcionaram, e tudo além disso foi falsificado. Eu me sinto como um idiota total por desperdiçar tantas horas, quando no final a resposta foi óbvia - parecia bom demais para ser verdade quando eu comprei, e foi.
Esse é um possível motivo pelo qual alguns dos seus arquivos funcionarão, mas outros não, quando parecer que não há rima ou razão do porquê. Espero que isso evite que você (ou outra pessoa) perca tempo tentando descobrir por que o universo parece tão aleatório e cruel. ;)