Isso parece muito lamentável, @ goalsetter88! Eu recomendo que você faça backup de seus dados da matriz em outro lugar antes de prosseguir. Livrando-se de todas as partições exigiria que você apagasse tudo nos HDDs. Como os caras acima já mencionaram, para usar a capacidade total de 3 TB, você precisaria re- inicialize os HDDs no GPT, em vez do MBR (devido ao seu limite de 2,2 TB).
Quanto a 2), sugiro que você verifique se possui os drivers atualizados para seus controladores SATA & chipset do site do fabricante da mobo. Um novo começo de toda a configuração de armazenamento pode ser uma boa ideia.
Experimente e mantenha-nos informados!