Isso parece uma decisão de design e, portanto, não é um bug (efeito não intencional). Minha lembrança é que o Windows Media Player tem um controle de volume que pode afetar as configurações de todo o sistema. Eu não acredito que este sempre foi o caso, então isso pode ser mais verdadeiro com algumas versões do Microsoft Windows Media Player (por exemplo, MS WiMP versão 9) ao invés de versões anteriores (por exemplo, o Media Player 6.4).
Como isso parece ser uma mudança intencional da Microsoft, é improvável que isso seja "consertado" por algum pacote aleatório de correções de erros.
Se você não gosta do comportamento, bem-vindo ao mundo do software de "código fechado". As opções incluem adaptar-se (você, adaptar-se) ou experimentar uma versão mais antiga para ver se funcionou diferente, ou tentar uma alternativa de código aberto, como o MPC-HC ou MPlayer (do MPlayerHQ.hu) ou VLC Player