Tente criar a imagem da unidade a partir do linux, com dd ou algumas ferramentas GUI que podem criar imagens (como Disks / gnome-disk-utility).
Mesmo durante a execução do Windows, se você executou o Linux em uma máquina virtual e pode ler diretamente a unidade USB, isso deve funcionar.
Eu sei que existem alguns drivers ext disponíveis para o Windows, eu tentei alguns e alguns funcionaram, outros não. Só de ver várias partições em uma unidade USB estava além de algumas das ferramentas, eu não tive muita sorte.