Você tem algumas coisas para verificar. Uma vez tive um problema semelhante ao enviar arquivos para um servidor.
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Parece que o armazenamento limitado me foi fornecido quando um usuário foi excedido. Eu estava executando um portal de registros e os usuários faziam o upload de uma foto deles, o que basicamente drena meu armazenamento.
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Às vezes, o FTP é configurado de forma que você só pode carregar alguns megabytes de uma só vez. Eu também enfrentei problemas devido a isso. Aumente esse limite ou faça o upload de arquivos menores por vez.
(1) parece ser a causa mais provável aqui. Tente alterar a conta do usuário para saber com certeza.