O controle é alternado antes dos botões do mouse serem "clicados", mas o AutoHotkey não substitui a combinação de teclas, como está implícito no título desta postagem. Não vejo nada de errado com as teclas digitadas porque a tecla Control nunca está inoperante para qualquer ação, é apenas desativada e, em seguida, novamente imediatamente. Se você observar os pressionamentos de tecla do script no AutoHotkey em vez do MacroRecorder, verá que as combinações de teclas geradas após o acionamento da tecla de atalho são ignoradas pelo AutoHotkey porque são geradas internamente. Você está enfrentando algum outro problema como resultado da chave de controle sendo alternada no meio da execução do script?
Fyi, você também pode usar uma tecla de atalho Up
como mostrado abaixo ...
!+LButton::
SendInput {MButton down}{RButton down}
return
!+LButton Up::
SendInput {MButton up}{RButton up}
return