Eu não conheço o PHPStorm e a maneira como ele executa o php, mas duas maneiras comuns de gerenciar a execução de binários em sistemas semelhantes a unix são:
-
defina a ordem correta da variável PATH:
export PATH=/usr/local/opt/php56/bin/:$PATH
-
use aliases
alias php='/usr/local/opt/php56/bin/php'
A primeira solução irá expor não só o php, mas também outros binários no seu php customizado para serem usados como primeiro, o segundo modifica apenas o uso do php binário.
Coloque uma das entradas no seu perfil.