Eu odeio responder a minha própria pergunta, mas o problema está resolvido. Eu não tenho idéia do que causou ou resolveu o problema que diz isso:
dnf atualiza o kernel instalado 4.2.6, atualiza os pacotes gnome-extensions e não atualiza o tigervnc.
Eu reiniciei e vncserver começou sem erros.
Portanto, para este problema específico, a correção é tornar seus pacotes atualizados.