Isso é incomum, por padrão, a única coisa que posso pensar é que você tem um problema de fonte. Ou você tem alguma margem estranha. Tente definir as preferências da Adobe como padrão na interface do acrobat no MSWord e veja se isso ajuda.
A outra questão que tenho visto no acrobat pro é que às vezes na conversão ele deixa de fora algum espaço em branco, então se eu tiver páginas com muito espaço na parte inferior, algumas vezes ele perde um pouco e move o texto acima. Para corrigir isso, você precisa manter o layout da página.
O que eu faço é verificar em qual impressora o meu documento está definido e escolher o da Adobe. Os documentos podem ter layouts variados, dependendo de qual impressora eles pensam que estão dispostos.