Às vezes, uma reorganização total é a solução mais fácil, por isso sugiro:
Recrie completamente o layout do disco e mantenha-o o mais simples possível.
Você deve colocar todos os carregadores de inicialização e sistemas operacionais em um disco.
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Faça o backup das partições que você deseja manter (recomendado: Clonezilla).
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Crie uma nova tabela de partição em todos os discos (recomendado: GParted).
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Crie novas partições e prepare-as para o processo de restauração.
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Inicialize a partir da mídia ao vivo do Clonezilla novamente e restaure as partições.
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Inicialize a partir da mídia de instalação do Windows e recrie o BCDstore do Windows.
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Inicialize a partir da mídia de instalação do ubuntu e reinstale o bootloader GRUB.
Se você quiser que o bootloader do Windows seja o padrão, gere as etapas 5 e 6.
Nesse caso, você deve instalar o GRUB na partição raiz do sistema operacional do Ubuntu.
Em seguida, você pode usar o bcdedit para adicionar as partições do Linux ao BCDstore.
Assumindo que você está tendo conhecimento avançado, omiti mais detalhes!