A resposta está no site que você mencionou anteriormente:
Archive handling (e.g. zip files)
As folders always treats archive files like regular folders.
Desta forma, Beyond Compare
sempre descompactará automaticamente os arquivos antes da comparação.
Não se esqueça de alterá-lo nos padrões da sessão (selecione Also update session defaults
na caixa de seleção na parte inferior da caixa de diálogo) para que ele também seja aplicado na próxima vez que você fizer uma comparação.