Eu já vi esse problema antes com problemas causados por tabelas de partições confusas (por falta de uma palavra melhor). Nenhum software é perfeito e alguns problemas de partição podem enviar o gerenciador de disco do Windows para um loop infinito processando as entradas. Na minha experiência, parece que isso não acontece com o gerenciador de disco normal do Windows, mas acontece com o subsistema de gerenciamento de disco do WinPE por algum motivo.
Você pode tentar isso, vendo se o mesmo acontece quando os discos são desconectados ou desabilitados no BIOS. Se a configuração continuar, é um problema com o subsistema de disco. Para ver se é um problema com os registros de partição, você pode usar uma ferramenta como dban ou dd no linux para limpar os primeiros MB no disco ( dd if=/dev/zero of=/dev/sda1 bs=5m count=1 ou similar) e ver se isso resolve o problema - isso é consertou para mim no passado.
Eu não consegui definir exatamente o que causa isso, mas acho que é uma combinação de entradas de tabela de partição recursiva (por exemplo, um registro de partição estendida apontando para o MBR ou para si mesmo) com outros problemas de partição (por si só uma questão bastante bem documentada e trivial para contornar).