Isso acaba sendo uma variante do problema descrito aqui:
A solução descrita aqui foi a solução para este problema.
If a file that has been deleted is still open by a process, the space will not be reclaimed until the process closes the file (or is killed). If you can not identify the process that is holding a file open, then a reboot will help as that will close all running processes (and so close all open files).
Depois de localizar o processo aberto e matá-lo, o espaço foi recuperado.