A solução não é difícil se você souber onde procurar.
Não insira o shell para o início. Se o Clonezilla solicitar o dispositivo de armazenamento usado para backups, haverá uma entrada de menu "enter_shell" no meio da lista. Se você selecionar aquele ao invés de um dispositivo, você pode entrar no shell incluindo a possibilidade de retornar aos assistentes digitando o comando "exit".