Parece que você ativou "Smart Quotes", mas no meu teste de Terminal.app
no Yosemite isso não afeta as aspas. Apenas no caso de verificar o painel Preferência do sistema do teclado… talvez você tenha uma substituição ativada de uma versão mais antiga do OS X (as colunas à esquerda da preferência de Smart Quotes, veja abaixo).
Você também pode verificar se há algo mais fazendo autocorreção para converter as cotações em cotações inteligentes (por exemplo, TextExpander, Keyboard Maestro, LaunchBar)