Parece que seu disco de backup padrão de fábrica deve funcionar bem. O disco de reparo do sistema do Windows 7 tentará corrigir problemas com a inicialização do Windows, mas não verificará sistematicamente os problemas de permissão em toda a unidade.
Como alternativa, você pode tentar reparar os problemas de permissão assumindo a propriedade de todos os arquivos do sistema inteiro (qualquer conta administrativa local tem permissão para assumir a propriedade). Com a propriedade concedida, você pode alterar suas permissões para arquivos e pastas que você possui agora.
Um prompt de comando elevado e o uso criterioso de takeown e icacls.exe provavelmente farão o truque. Por exemplo, aqui está um conjunto de comandos que tomarão posse e dará a todos (TODOS) acesso a todos os arquivos e subpastas do caminho da linha de comando atual:
takeown.exe /F * /A /R /D Y
icacls.exe * /grant Everyone:(F) /grant Guests:(F) /grant Users:(F) /T /C /Q
Use com cuidado - obviamente isso causará um problema de segurança se usado incorretamente, mas se você quiser uma solução rápida para usar seu sistema existente (fazer backups, etc.), é provável que você comece a usá-lo .