Você precisa de uma ferramenta de análise XML. xmlstarlet
é o meu favorito. Depois de corrigir seu XML inválido, temos
$ xmlstarlet ed -d '//main_tag[subTag1 != 1300]' file.xml
<?xml version="1.0"?>
<root_tag>
<main_tag>
<subTag1>1300</subTag1>
<subTag2>BBcycle</subTag2>
<subTag3>55</subTag3>
</main_tag>
</root_tag>
e
$ xmlstarlet ed -d '//main_tag[subTag1 != 1300 and subTag1 != 1299]' file.xml
<?xml version="1.0"?>
<root_tag>
<main_tag>
<subTag1>1299</subTag1>
<subTag2>cfinfo</subTag2>
<subTag3>43</subTag3>
</main_tag>
<main_tag>
<subTag1>1300</subTag1>
<subTag2>BBcycle</subTag2>
<subTag3>55</subTag3>
</main_tag>
</root_tag>
Eu acho esta página um tutorial útil para o xpath.