Depois de mover um pouco mais as janelas, em algum momento eles ficaram "centrados verticalmente" e corrigiram o problema:
O Microsoft Windows parece ter algum pequeno problema de interface do usuário aqui.
Demo:
Por que a organização dos monitores é alterada quando eu altero o monitor principal?
Eu uso o Windows 7 SP1 x64 Ultimate.
Com toda a honestidade, isso não se parece com qualquer recurso pretendido do Windows (ou seja, é uma falha / bug). Parece que o arranjo horizontal de seus monitores ainda é mantido, portanto, a menos que a mudança de arranjo vertical no gráfico seja realmente representativa da capacidade de estender a tela para fora do topo do monitor primário (o que seria impressionante e hilariante!), não deve ser um problema muito grande.
Por que isso ocorre em primeiro lugar, a única coisa que posso pensar que pode ser um fator contribuinte é que, na animação, você seleciona "Make this my main display", mas o menu suspenso "Multiple Displays" abaixo ainda mostra "Estender área de trabalho para esta exibição". Isso não é normal - se uma exibição for a principal, você deve estender a área de trabalho de exibida, não a ela. Tente mudar essa opção para algo diferente.