Começarei com a sua questão de falha do Disco 2 - nessa situação você precisaria apenas reinstalar o Windows para ter uma máquina em funcionamento e conectar os discos de trabalho porque é um RAID de software e cada disco tem seu próprio MBR. Qualquer versão do Windows que suporte RAID por software reconheceria o RAID 5. Isso, é claro, seria degradado porque você tem apenas 2 dos 3 discos do RAID 5 funcionando. Nesse ponto, você desejará copiar seus dados imediatamente ou adicionar um novo disco ao RAID 5 e deixá-lo reconstruir. Você deve sempre ter um backup seguro de seus dados de qualquer maneira.
Para a segunda pergunta, não tenho certeza do motivo, mas pode ser que o espelho RAID 1, que inclui a partição de inicialização e parte de outro disco, precise ser criado primeiro. Agora, o RAID 5 foi criado antes. Eu baseio isso nos comentários que eu li aqui - > Provavelmente poderia haver outras razões também.