Você está inicializando a partir da partição em questão, funcionando ao vivo e permanecendo montado o tempo todo (para poder executar programas, etc.), certo? Você não pode formatar uma partição montada e não pode desmontá-la, pois ela é essencialmente a unidade do sistema e está sempre em uso.
Se você quer formatá-lo, você pode inicializar a partir de uma partição ou mídia diferente, ou se você tiver memória RAM suficiente (talvez em um show, variar por distro) e se "Gpart live" aceitar o toram boot opção, você pode adicionar essa palavra no momento da inicialização para copiar todos os seus arquivos de sistema necessários para ram e executar a partir daí. Então você pode desmontar o & formate seu USB.