Usando o Ubuntu 16.04 LTS aqui + Sublime 3 + FileZilla.
Procurei em todos os lugares por uma resposta sobre como fazer isso funcionar no Ubuntu, mas sem sucesso.
Na verdade, como você deve saber agora, definir "open_files_in_new_window" como FALSE funciona APENAS no OSX. Então eu lembrei que a FZ tem algumas coisas sobre editores.
Para encurtar a história, tudo o que você precisa fazer é, em FZ, ir para: Editar > Preferências
então: Edição de arquivos > Sempre use o editor padrão (supondo que você tenha definido o Sublime como tal).
Isso é tudo que você precisa fazer! Espero que ajude alguém.