Estou tendo o mesmo problema que você. Concordo que os arquivos (setup.exe, por exemplo) estão sendo sobrescritos, o que está causando o problema. Eu tentei extrair arquivos do Windows 8 do ISO para uma pasta na raiz da unidade USB chamada "WIN8" e criar manualmente uma entrada de inicialização que inicializa o WIN8 / bootmgr, mas quando eu inicializo ele ainda é padrão para instalação do Windows 7. Eu acho que ele está procurando setup.exe e outros arquivos na raiz do USB e não parece haver nenhuma maneira de mudar isso.
Sua solução de criar uma partição separada parece ser a melhor solução alternativa para o problema. O problema é que a mídia removível (como um cartão de memória USB) não pode ter mais de uma partição porque o Windows reconhece esses dispositivos como mídia removível e (por algum motivo) só lerá a primeira partição. No entanto, se você usar um HDD portátil USB (como um WD My Passport), você pode inicializá-lo com uma tabela de partição MBR (não use a tabela de partição GUID) e adicionar até 4 partições primárias (ou 3 partições primárias e um grupo de partições lógicas). Apenas partições primárias podem ser inicializáveis.
Você pode usar o YUMI para adicionar ferramentas do sistema, distros do Linux, etc e o Windows 7 na primeira partição primária e copiar o conteúdo do seu Win8 DVD / ISO para a segunda partição.
Agora adicione essa entrada manualmente ao multiboot \ menu \ menu.lst na partição em que você instalou suas distribuições do Linux e no Windows 7 com YUMI.
title Instalar o Windows 8
raiz (hd0,2)
chainloader / bootmgr
E o instalador do Windows 8 deve inicializar a partir da segunda partição.
Eu adoraria ver uma solução onde isso pode ser feito em uma grande unidade flash em vez de em um disco rígido portátil, apenas para a conveniência, já que os discos rígidos portáteis / externos não têm tamanho de bolso (bem ... não como uma unidade flash ).