Pode ser uma solução fácil: Se você tiver bloqueadores de anúncios ativados, desative-os antes de assistir ao YouTube. Também ouvi falar de alguém bloqueando determinados domínios de anúncios em seus arquivos de hosts. Desfaça essas alterações também.
Eu descobri isso quando a última versão do Ghostery deu seus sintomas exatos, mas no Firefox.