Apenas no caso de ajudar alguém. Acontece que a maneira como o shell funciona é que, se um diretório atual for excluído em uma instância diferente do shell e for recriado e preenchido com arquivos, o shell original mostrará um diretório vazio.
Para ver os arquivos novamente, basta ir
cd .
Isso levou à solução do problema original, não excluindo o próprio diretório (apenas excluindo e substituindo arquivos específicos).