Eu não tentei isso, mas você pode tentar fazer init
com seu nível de execução atual. Isso pode executar novamente todos os scripts init.d, embora possa reconhecer que ele já está nesse nível de execução e ignorá-lo. Se ele fizer o que eu espero, ele reiniciará todos os seus serviços, ou pelo menos tentará.
Além disso, estou assumindo que você está falando sobre init.d
que está usando o CentOS 6 ou mais antigo.