sfdp é a resposta que eu estava procurando.
Eu tenho um arquivo .dot / .gv que é um DirectedGraph com aproximadamente 55.000 bordas. Quando tento renderizá-lo usando a GUI GraphViz no OsX, fica apenas um estado Not Responding no Activity Monitor. Eu diria que o GraphViz não teria problemas para renderizar um gráfico desse tamanho. Mas sempre falha.
Eu sei que a notação .dot é válida porque quando eu executo: dot test.gv -Tjpeg -o test.jpeg presumivelmente desenha algo, eu não consigo ver, mas pelo menos isso não é um erro.
Há algo que estou sentindo falta aqui?