Solução
Eu talvez tenha a solução. Desde uma semana, as unidades não voltaram a desaparecer. Tudo o que fiz foi mudar um pouco os GPOs.
Enquanto o problema aparecia, nós conectamos as unidades de rede com a opção "Substituir" no GPO. Agora eu mudei para "Update" e o problema parece ter desaparecido. Se não, vou anotar aqui.
Espero que isso ajude alguém com um problema semelhante.
Cumprimentos Manawel