Como eu instalo o PDB2PQR de forma que o plugin PyMOL das ferramentas APBS possa usá-lo?

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O PyMOL tem um plugin chamado ferramenta APBS ( link ) que requer três entradas de arquivo diferentes:

  • Binário APBS (apbs.exe)
  • Arquivo psize.py do APBS
  • PDB2PQR pdb2pqr.py

Eu instalei o APBS e tenho ambos apbs.exe e psize.py no meu diretório C: \ APBS. PDB2PQR é o problema, eu baixei link (versão 2.0.0 para Windows de 64 bits) extraiu seu conteúdo e não encontrou nenhum arquivo pdb2pqr.py no diretório extraído. Eu também tentei baixar o pdb2pqr 1.8.0 tarball (.tar.gz) e extrair seu conteúdo, já que fui informado em uma lista de discussão de usuários do PyMOL que ele deve conter um arquivo pdb2pqr.py e pode ser mais compatível com o PyMOL. Mas este tarball é o código-fonte e deve ser compilado, o que não é possível no Windows 7.

    
por BH2017 20.04.2015 / 09:39

1 resposta

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link

Este seria o método mais produtivo de obter sua resposta com um bate-papo para a seção de ajuda técnica e suporte. Quanto à compilação no Windows 7, sim, é possível, desde que você tenha o código-fonte COMPLETO e o arquivo de rotina de compilação.

Você pode se deparar com uma falha no software devido ao Windows 7 NÃO aceitar drivers não assinados, além de sua instalação no diretório raiz, o que é uma má idéia, pois o Win 7, 8 e assim por diante tem blocos em vigor para instalações de tipo legado. o diretório raiz.

Pessoalmente eu iria olhar para fazer uma alteração na instalação e ver se você pode obtê-lo para instalar no diretório de arquivos de programas principal ou arquivos de programa x86 se for software de 32 bits.

Você pode achar necessário alterar os recursos de segurança das unidades para permitir que a instalação ocorra. Leia as notas da Microsoft sobre isso antes de continuar e verifique novamente qualquer codificação antes de compilar. Se for um sistema baseado em servidor Linux / Unix, uma instalação dupla virtual do servidor Ubuntu pode ser útil para você.

Esta é uma informação geral, pois não tenho conhecimento do uso ou do sistema de arquivos sobre o qual a questão se refere e deve ser tomada como um conselho. Em caso de dúvida fale com o fabricante e chegue lá ajuda deve ser sempre o seu primeiro porto de escala.

    
por 20.04.2015 / 10:04