Eu descobri o que causou o problema em primeiro lugar. A ordem de inicialização durante a instalação (formulário USB) foi definida da seguinte forma.
- Disco USB
- SSD mSATA
- Disco rígido local
- ... (outro)
O que aparentemente fez com que o sistema instalasse o boot.ini no SSD, independentemente do disco que eu escolhi para instalar o sistema. Alterei a ordem de inicialização para:
- Disco USB
- Disco rígido local
- ...
e fez uma nova instalação, durante a qual eu removi o disco SSD (não fisicamente, claro, mas no menu de instalação).
Espero que isso ajude alguém algum dia.