Se você estiver usando o BIOS em vez do EFI, você poderá usar o menu de inicialização do BIOS para selecionar o sistema operacional, desde que cada sistema operacional esteja instalado em uma unidade física separada. Observe, no entanto, que a especificação do BIOS do PC é definida apenas de forma muito vaga, e essa é uma configuração muito fora do padrão, portanto, se você tiver um BIOS mal escrito, talvez não seja possível fazer isso da maneira desejada.
O modo de inicialização do BIOS é o seguinte: O registro mestre de inicialização do disco rígido (MBR, setor 0) possui uma tabela de partição que pode conter apenas até 4 entradas; 4 partições primárias, ou 3 primárias e uma lógica (que pode ser subdividida em letras de unidade lógica). Uma, e apenas uma dessas partições (por unidade) DEVE ser marcada como ativa e deve ser uma das primárias (não é possível inicializar a partir de uma partição lógica). Quando você seleciona uma unidade no menu de inicialização da BIOS, é a partição marcada como ativa nessa unidade que é inicializada. Isso tudo é apenas FYI no caso de cada unidade tem várias partições nele. Apenas saiba que cada unidade deve ter uma partição ativa para inicializar.
Agora, supondo que você esteja fazendo uma nova construção aqui, eu instalaria o Windows primeiro. A Microsoft apenas lança carregadores de boot a qualquer momento e você não tem muito a dizer sobre o assunto.
Quando se trata de Linux, cada distro tem seu próprio método de instalação, mas em algum momento durante a configuração você deve perguntar onde quer colocar o gerenciador de inicialização, e você geralmente tem três opções: o MBR do primeiro disco drive, o MBR da unidade para a qual você instalou o Linux ou o registro de inicialização da partição onde você instalou o Linux. Vá com a última opção. Isso impedirá que o Linux toque os MBRs de seus discos rígidos.
Este deve ser tudo o que você precisa. Se o seu BIOS é bem comportado, você deve ser capaz de inicializar qualquer que seja a sua vontade.